5'-(донорные) сайты сплайсинга
У высших эукариот почти все природные интроны имеют динуклеотид GU на своем 5' конце : несколько известных исключений включают альтернативно сплайсируемый экзон в альфа-А-кристаллическом гене ( King C.R., 1983 ) и интроны альфа-глобинового гена цыпленка ( Dodgson J.B., 1983 ) имеющих GC. Компиляция 5'-сайтов сплайсинга приводит к консенсусу c/aAG|GUa/gAGU (таб) . Обобщенные частоты на основании использования адгоритма стат/сайт равны A64G73|G100U100A62A68G84U63.
Анализ мутаций показывает, что для поддержания активности сайта достаточно 6 5'-концевых нуклеотидов интрона ( Wieringa B. 1984 ) и что синтетический интрон, содержащий 5' и 3' сайты сплайсинга активен in vivo. Функциональное значение отдельных нуклеотидов внутри сайта определяют посредством изучения процессинга РНК при мутациях. Такой анализ показывает, что мутации внутри 5' сайта сплайсинга приводят не только к изменению эффективности процесса, но и включению дополнительных (альтернативных) сайтов сплайсинга ( Treisman R. 1983 ).
Мутации инвариантного GU приводят к полной остановке сплайсинга, а мутации в остальных позициях сайта приводят к различным эффектам - прекращению процесса, уменьшению эффективности реакции или активации дополнительных сайтов.
Ложные сайты могут находиться как в интронах так и в экзонах, но все они в разной степени хорошо согласуются с консенсусной последовательностью. Во всех случаях кроме одного сайты имеют динуклеотид GU; единственное исключение состовляет динуклеотид GC ( Wieringa B., 1983 ). Дополнительно к активации ложных сайтов благодаря мутациям в природных сайтах, ложные сайты могут получаться с помощью мутаций внутри интронов или экзонов, приводящих к возникновению последовательностей близких к консенсусной.
У дрожжей последовательность 5' сайта сплайсинга более консервативна, чем у высших эукариот. Почти во всех случаях это |GUAPyGU ( Langford C.J. 1983 ). Наиболее сильное различие сплайсинга дрожжей и высших эукариот состоит в том, что мутации в последовательности 5' сайта сплайсинга не приводят к активации дополнительных сайтов, а к куммуляции непрерывной, несплайсирующей пре-мРНК ( Galwitz D., 1982 ) или к совершенно неправильному разрыву РНК ( Fouser L.A. 1986 , Jacquier A., 1985 ).
Мутации в позиции 2 и 6 сайта может приводить к относительному накоплению количества лариата к количеству мРНК, что говорит о большем значении таких мутаций на второй стадии сплайсинга , чем на первой ( Fouser L.A. 1986 , Jacquier A., 1985 ).
