SELEX (метод отбора аптамеров)
Поиск природных аптамеров в в геномных последовательностях (метод отбора аптамеров) получил название SELEX (от англ. systematic evolution of ligands by exponential enrichment - систематическая эволюция лигандов при экспоненциальном обогащении) ( Tuerk and Gold, 1990 , Gold et al., 2002a ; Gold et al., 1997a ; Gold et al., 1997b ;
Huttenhofer and Vogel, 2006 ).
Принцип данного метода изображен на Рис. 6.1 . В ходе эксперимента проводится несколько раундов отбора последовательностей, связывающихся с молекулой-мишенью. Каждый раунд включает три основные стадии:
- библиотека олигонуклеотидов инкубируется с молекулой-мишенью;
- комплексы олигонуклеотидов с мишенью отделяются от несвязавшихся олигонуклеотидов;
- производится амплификация связавшихся последовательностей.
В результате происходит постепенное обогащение библиотеки олигонуклеотидов последовательностями, обладающими повышенным сродством к молекуле-мишени. Проведение многочисленных экспериментов по отбору in vitro показало, что аптамеры могут быть получены практически к любым мишеням: белкам, пептидам, нуклеиновым кислотам, полисахаридам, малым органическим молекулам (аминокислотам, нуклеотидам и другим метаболитам), вирусным частицам, целым клеткам и даже тканям ( Gold et al., 1995 ).
Группа методов отбора, позволяющая получать аптамеры, связывание которых с молекулой-мишенью изменяется в зависимости от присутствия другой молекулы-регулятора, получила название conditional SELEX (от англ. condition - условия) ( Smith and Gold, 2004 ).
См. " Регулируемые и сигнальные аптамеры ".
" Методы отбора аптамеров: используемые библиотеки ".
