attC-Сайт (59-base element, 59-be)

Первоначальное название attC-сайтов - сайтов рекомбинации генных кассет - 59 be (59 base elements), поскольку первый изученный сайт имел протяженность, равную 59 п.о. Позднее было показано, что размер этих сайтов у разных кассет колеблется от 57 до 141 пн. Поэтому в последующих публикациях многие авторы стали использовать название attC для обозначения кассетных сайтов рекомбинации.

Несмотря на то, что AttC-сайты, обнаруженные в составе различных генных кассет сильно отличаются друг от друга по своей длине и нуклеотидной последовательности, все они на границах имеют консенсусные участки длиной около 25 п.н. На самом конце правого консенсусного участка имеется консервативный сайт GTTRRRY (где R - пурин, а Y - пиримидин), а на конце левого консенсусного участка тот же сайт, но в обратной ориентации: RYYYAAC [ Rowe-Magnus, 2002 , Partridge, 2002 ]. Таким образом, сходство различных attC-сайтов между собой ограничено их кор-сайтами (от английского core) - кор-сайт CS (G-вертикальная стрелка-TTRRRY) и инвертированный кор-сайт ( ICS ; RYYYAAC, где R - пурин, Y - пиримидин; вертикальная стрелка показывает точку рекомбинации с сайтом мишени).

Несмотря на ограниченную гомологию, сайты attC имеют одинаковую структурную организацию [ Stokes, 1997 , Collis, 1998 ]. Каждый содержит несовершенные повторяющиеся последовательности с выраженной комплементарностью в терминальных 25 пн. Полная комплементарность имеется между CS и ICS в циркулярно замкнутой кассете и она может распространяться еще на 5 нуклеотидов, расположенных сразу за CS, и 5 нуклеотидов, предшествующих ICS, составляя в целом по 12 комплементарных оснований в каждой области. Внутри каждого attC-сайта имеются два связывающихся с рекомбинационным ферментом интегразой простых сайта - LH и RH , включающих ICS и последовательность 2L (LH) и CS и последовательность 2R (RH). Поскольку явно разные сайты attC, отличающиеся протяженностью и степенью гомологии между собой, тем не менее узнаются одной и той же интегразой [ Collis, 2001 ], был сделан вывод, что последовательности, находящиеся вне кор-сайтов CS и ICS, не столь важны для процесса узнавания и связывания фермента, как наличие симметрии в организации этих сайтов [ Rowe-Magnus, 2003 ].

См. также обзор [ Ильина, 2001 ].

Ссылки: