siRNA: основные сведения

Обнаруженный сравнительно недавно класс молекул, играющих роль в эпигенетическом сигнале, - это молекулы некодирующих РНК . Многие годы класс не кодирующих белки РНК (non-protein-coding RNA - ncRNA ) включал в себя только транспортные, рибосомные и сплайсосомную РНК. Однако, благодаря тому, что стали доступны нуклеотидные последовательности геномов множества разнообразных организмов, а также благодаря молекулярно-генетическим межвидовым исследованиям (от Escherichia coli до человека), список ncRNA расширился, и это привело в результате к идентификации сотен малых ncRNAs, в том числе таких, как малая ядрышковая РНК (small nucleolar RNA - snoRNA ), микроРНК (micro RNA - miRNA ), короткие (малые) интерферирующие РНК (short-interfering RNA - siRNA) и малая двунитевая РНК .

siRNAs возникают в результате двунаправленной транскрипции центромерных повторов, которые процессируются в siRNAs ферментом Dicer .

Некоторые из этих молекул малых РНК регулируют модификации хроматина, импринтинг, метилирование ДНК и транскрипционный сайленсинг, что детально обсуждается в главе " RNAi и сборка гетерохроматина ".

РНК-интерференция(RNA interference, RNAi): способ посттранскрипционного подавления экспрессии генов (сайленсинга, silencing ), при котором двухцепочечная РНК (dsRNA) индуцирует деградацию гомологичной мРНК. Двухцепочечная РНК при этом распадается на короткие двухцепочечные фрагменты (21-25 п.о.), обозначаемые как малые (короткие) интерферирующие РНК (small (short) interfering RNA, siRNA, или guide RNA, gRNA).).

siRNA, как уже упоминалось, образуются с помощью фермента DICER - рибонуклеазы III типа . Продуцируются они из длинных двухцепочечных РНК, попадающих в клетку экзогенно или из dsPHK, образующихся в результате транскрипции в противоположных направлениях одного участка генома .

Предполагается, что именно короткие  РНК, образующиеся  в результате процессинга двухцепочечной РНК, являются активной формой сигнала для деградации мРНК при РНК-интерференции у животных и PTGS у растений.

siRNA характеризуются присутствием 5`-концевого фосфата, 3`-концевой гидроксильный группы, а также выступающих 3'-концов размером в 2 нуклеотида и содержат в своем составе немодифицированные рибонуклеотиды помимо относительно небольшого количества дезаминированных остатков аденозина, образующихся, по-видимому, за счет активности двухцепочечной РНК-зависимой дезаминазы еще на стадии протяженного двухцепочечного РНК-дуплекса ( Elbashir et al., 2001b ; Zamore et al., 2000 ).

Ссылки:

Все ссылки