Rnk-Белок
Поиск гомологов Gre-белков E. coli в геноме T. thermophilus позволил выявить два гена, гомологичных гену GreA ( Hogan et al., 2002 ; Лаптенко et al., 2000 ). Белковые продукты этих генов были впервые выделены и частично охарактеризованы в работе ( Лаптенко et al., 2000 ). Первый из них ( GreA ) стимулировал расщепление транскрипта в составе элонгационного комплекса (ЭК) , т.е. проявлял типичные для семейства Gre- белков свойства. Второй белок - Gfh1 - обладал в несколько раз большей аффинностью к РНК-полимеразе (РНКП) и, к удивлению авторов, ингибировал расщепление транскрипта, равно как и элонгацию РНК в опытах по транскрипции in vitro ( Hogan et al., 2002 ; Лаптенко et al., 2000 ).
Сравнительно недавно был охарактеризован еще один белок E. coli, гомологичный Gre-факторам ( Lamour et al., 2008 ). Этот белок получил название Rnk (regulator of nucleoside kinase), так как его мутации снижают уровень нуклеозиддифосфат-киназы в клетках E. coli. Рентгеноструктурный анализ белка Rnk показал, что структура его С- концевого домена очень сходна со структурой С-концевого домена у белков Gre и Gfh1, в то время как N-концевой coiled-coil домен имеет гораздо меньшую длину и не содержит отрицательно заряженных аминокислотных остатков на своем конце ( Рис. 5.3 ). На основании сходства структур С- концевых доменов было предположено, что Rnk, вероятно, связывается с тем же участком бета'СС2-элемента в области вторичного канала , что и факторы Gre и Gfh1. Было показано, что Rnk подавляет стимуляцию нуклеазной активности РНКП Gre-факторами, а также дестабилизацию промоторных комплексов фактором DksA . Однако, Rnk сам по себе не влияет на транскрипционную активность РНКП и свойства промоторных комплексов. В отличие от Gre-факторов, Rnk не взаимодействует с 3'-концом РНК в смещенных элонгационных комплексах , что, по-видимому, объясняется меньшей длиной N-концевого домена ( Lamour et al., 2008 ). Таким образом, функцией Rnk может являться регуляция взаимодействий с РНКП различных факторов, связывающихся в области вторичного канала, в том числе Gre- белков. Функциональная роль данной регуляции in vivo остается неизвестна.
