Корневое (заякоренное) дерево (rooted tree)

Дерево называется корневым или заякоренным (rooted), если на нем обозначается общий предок (корень, особая вершина) анализируемых таксонов. Корневое дерево отражает не только взаимоотношения между таксонами, но и гипотетическое направление эволюции.

У этой вершины нет предка, но она является общим предком для всего дерева, а все вершины дерева в свою очередь являются потомками. Деревья a), b) и c) на рисунке  6.2 являются корневыми.

Число дихотомических корневых деревьев для n висячих вершин можно определить по формуле:
        (2n -3) !
Nr = ----------------       
       2n-2 (n-2) ! 

Дерево в котором отражены лишь отношения между таксонами, но не указан один общий предок называется бескорневым или незаякоренным (unrooted). Пример такого дерева приведен на рисунке d) (рис. 6.2.).Число дихотомических бескорневых деревьев для n висячих вершин равно числу корневых деревьев для n-1 вершин. Число возможных деревьев увеличивается очень быстро, так при n=10 возможны уже 207025 бескорневых дерева и 34459425 корневых. Это делает невозможным построение филогенетического дерева путем простого перебора уже при сравнительно небольших значениях n.

Ссылки: