Шайн-Дальгарно Последовательность (Shine-Dalgarno sequence, SD sequence)

Шайн-Дальгарно последовательность (Shine-Dalgarno sequence, SD sequence, SD последовательность): у прокариот определяет эффективность связывания рибосом в участке инициации трансляции. Последовательность Шайна-Дальгарно - это пуриновая последовательность AGGAGG в бактериальной мРНК , облегчающая ее связывание с рибосомой [ Свердлов Е.Д. 2009 ].

Эта последовательность столь консервативна, что ее используют как индикатор для предполагаемых ОРС (открытых рамок считывания) в геноме В. subtilis, но это неприменимо к M. pneumoniae . В этом случае последовательность Шайн-Дальгарно потеряла консервативность или совсем утрачена, включая гены, в отношении которых сайты инициации трансляции точно локализованы ( Himmelreich et al., 1996 ). По данным этой работы, из 20 стандартных тРНК-синтетаз лишь одна глутамил-тРНК- синтетаза не найдена у M. pneumoniae. У некоторых других грамположительных бактерий этот фермент также иногда отсутствует. Правда, пока неясно, как в этих случаях глутамин присоединяется к соответствующей тРНК.

SD - последовательность Шайна-Дальгарно (сайт связывания рибосомы)

Ссылки:

Все ссылки